1941年,原高雄驛改名為高雄港驛,專司貨物列車轉運、編組工作。為此,站內許多既有房舍或設施也更改用途,或是進行遷建及改建。當時車站樣貌的最大變化,是將第二月台和旅客天橋拆除,第一月台仍然保留,做為僅存的客運列車──屏東線汽油車載客用。這項車站變更的計畫並未在戰前完成,而是在戰後重建時才實現,由於第一月台已經沒有加高的必要,因此保留1908年的原始高度,花崗岩材質的邊石也幸運留存。

20世紀初的月台比較低,火車車廂設有踏階,「上車」的時候,要從月台爬個兩三階才進入車廂。隨著時代的演進,旅客愈來愈多,低矮的月台對上下車較為不便,於是鐵道沿線各站的月台就一層一層加高。直到今天,在許多日本時代遺留至今的舊月台,我們還可以觀察到這種「地質年代」。以2017年為例,高雄站月台高度是76公分高,新左營站是85公分高,將陸續加高至92公分,最後的目標是統一為115公分,這樣就和高鐵或捷運一樣,沒有任何的台階了。